毛細管電泳可以按操作方式重新分為手動、半自動及全自動型毛細管電泳。

　　二：分離通道形狀

　　按分離通道形狀分為圓形、扁形、方形毛細管電泳等。

　　三：緩沖液的介質

　　根據配制緩沖液的介質的不同，可以把CE分為水相毛細管電泳儀和非水毛細管電泳儀。是以有機溶劑作介質的電泳緩沖液代替以水為介質的緩沖溶液，增加了疏水性物質的溶解度，特別適用于在水溶液中難溶而不能用CE分離的物質或在水溶液中性質相似難以分離的同系物，拓寬了CE的分析領域。

　　四：毛細管電泳儀具備如下優點：

　　（1）高效塔板數目在標準間，當采用CGE時，塔板數目可達標準間以上；

　　（2）快速一般在十幾分鐘內完成分離；

　　（3）微量進樣所需的樣品體積為nL級；

　　（4）多模式可根據需要選用不同的分離模式且僅需一臺儀器；

　　（5）經濟實驗消耗不過幾毫升緩沖溶液，維持費用很低；

　　（6）自動CE是目前自動化程度較高的分離方法。

　　五：缺點是：

　　（1）由于進樣量少，因而制備能力差；

　　（2）由于毛細管直徑小，使光路太短，用一些檢測方法（如紫外吸收光譜法）時，靈敏度較低；

　　（3）電滲會因樣品組成而變化，進而影響分離重現性。