熒光顯微鏡的出現是為了彌補一般光學顯微鏡的缺陷，即難以將特定的目標物從背景中區分出來。醫院病理科的日常工作之一就是讀片子，非常依賴經驗。因為即使某種病原標記物已經經過了標識，在顯微鏡下仍然難以辨識。而熒光標識只在特定波長的光源激發下才會發光，而且發出的光也具有特定的波長。多個標識可以依次成像，背景極低，互相干擾也低，所以在科研和醫療中廣泛應用。
熒光顯微鏡是熒光顯微檢測的專用工具,它是光學顯微鏡的一種。它除了具有光學顯微鏡的基本結構和光學放大作用外,基于熒光的特性,還具備以下*的功能要求:
(1)提供足夠能量的能激發出熒光的光源。
(2)有著適應不同物質所需的激發光譜一組濾色片,從光源中選擇合適的激發光譜,使析出的光譜與該物質的吸收光譜重合,以期望獲得最大的熒光。
(3)為獲得較弱的熒光圖像,還要建立一套截止濾色片,它使所需觀察的熒光進入系統成像,而將其余的光波,包括發射光阻擋在外,用來提高圖像的襯度。
(4)放大的光學系統應適應熒光的特性,最終獲得既能觀察又能攝影的高亮度、高分辨力的良好襯度的熒光圖像。
(5)儀器的安全性。應用汞燈要防止紫外線的泄漏和汞燈的爆炸,保證電器安全。
其實熒光顯微鏡是利用特定波長的光照射被檢物體產生熒光進行鏡檢的顯微光學觀測技術，已有100多年歷史。近年來，由于免疫熒光在醫學研究、診斷領域里的廣泛應用，FISH、綠色熒光蛋白(GFP)技術分別在基因組學、蛋白質組學研究方面的推廣，顯微照相、數字CCD成像技術的輔助驅動，賦予這一傳統技術更新的應用價值和生命力。
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